Ich hab jetzt den ganzen Thread gelesen und hätte glaube ich noch ein paar ergänzende Gedanken dazu. 
Boxaufbau : ich habe die Box neben mir stehen gehabt und den Ausgang mit meinem Körper blockiert. Step by step die Tür immer weiter zu, bis sie irgendwann zu sein durfte. Danach habe ich die Box täglich Zentimeter für Zentimeter weiter von mir entfernt, bis sie da stand, wo sie stehen sollte. Zusätzlich das Ruhewort "schluss" eingebaut. Sein Körbchen habe ich wie der Welpentrainer von Sixx aufgebaut, mitdenken lassen und belohnen. Er hat aber in beiden Fällen keine Erwartungshaltung, das ist es nicht, er liegt und ist entspannt. (außer im Körbchen, da legt er sich ständig um) Ihm fallen echt nur einfach nicht die Augen zu (selbst wenn er auf der Seite liegt) .
Wenn ich das richtig verstehe hast du die Box primär darüber aufgebaut, dass du den Eingang blockiert hast und der Welpe so nicht mehr rauskam, oder? Also wahrscheinlich hat er am Anfang ein paar mal versucht die Box zu verlassen und du standest aber davor, richtig?
Ich könnte mir vorstellen, dass euer Welpe aktuell zwar augenscheinlich entspannt in der Box liegt, aber nicht schläft, weil er einfach aufgegeben hat. Also die Box ist ja im Prinzip überhaupt nicht mit Entspannung verknüpft worden, sondern einfach so aufgebaut worden, dass er keine Chance mehr hatte rauszukommen.
Berichtige das gerne, wenn ich was falsch aufgefasst habe!
Mein Ziel wäre es glaube ich eine richtig tolle Ruhezone aufzubauen. Also ein Welpengitter aufstellen mit etwas Beschäftigung drin (Kauholz, ein Spielzeug ohne Quietschie drin und Wasser), Wasser und gemütlicher Liegemöglichkeit. Und dann würde ich ganz ganz viel über konditionierte Entspannung arbeiten und mir da alles zunutze machen, was geht.
Du schreibst zwar, dass ihr das Wort "Schluss" aufgebaut habt, aber das ja wahrscheinlich im Kontext mit dem Boxentraining, oder? Dann ist das vielleicht auch eher negativ verknüpft als mit Entspannung.
Körperliches Blockieren kann für sensible Hunde wirklich schlimm sein. Also ist jetzt erstmal natürlich nur eine Vermutung, aber ist schon eine Richtung in die man auch überlegen sollte, finde ich.
Ihr könntet ein Entspannungwort aufbauen, konditionierte Duftentspannung und konditionierte Geräuschentspannung. Sagt dir das was oder soll ich dir dazu Links raussuchen, wie man das aufbaut? 
Und wie genau hat der Welpentrainer von Sixx das Körbchen aufgebaut? Kannst du das erklären?
Ich glaube was vielleicht auch noch wichtig zu verstehen ist, ist dass der Hund ein unterschiedliches Maß an körperlicher und geistiger Auslastung braucht. Also wenn ihr zB in den Wald fahrt, dann sind da so viele neue Gerüche, dass es den Welpen natürlich auch mental anstrengend. Und da kann es sein, dass 30 min einfach schon ausreichen, bis er Banane im Kopf wird. 
Aber trotzdem kann es sein, dass in diesen 30 min das Bedürfnis nach körperlicher Auslastung nicht ausreichend erfüllt wurde.
Habt ihr einen Garten? Oder eine andere vertraute bekannte Umgebung, in der der Welpe rennen und spielen kann?
Ich würde da wirklich ein bisschen mehr unterscheiden und dem Welpen gezielt die Möglichkeit bieten sich in reizarmer Umgebung körperlich auspowern zu können, während man es mit der mentalen Auslastung dosiert angeht.
Und eine letzte Frage noch - auf welchem Untergrund haben die Welpen bei der Züchterin gelebt? Gab es da einen bestimmten Raum, wo die Welpis gelebt haben oder waren sie im ganzen Haus und GArten?
)hat ursprünglich Veterinärmedizin studiert, deshalb hat sie auch das ganze medizinische Hintergrundwissen.