Gegen eine Übernachtung in einer Ferienwohnung spricht mMn nichts; musst nur aufpassen, dass alles einigermaßen welpensicher ist, aber das sollte machbar sein.
Ich selbst habe auch schon zweimal einen Welpen per Flugzeug geholt, einmal in der Kabine und einmal - wegen der Größe - in der Box im Frachtraum. Beide Welpen haben das gut überstanden, was wohl auch der Standard ist (machen gar nicht so wenige).
Je nachdem, wann es stattfinden soll und wie sich der Betrieb der DB in der Zwischenzeit verbessert oder verschlechtert, würde ich an deiner Stelle aber auch nach Alternativen zum Zug suchen. Flugzeug, vll Freunde/Verwandte, die fahren könnten, etc. - in den letzten Jahren hat sich die Zuverlässigkeit der Bahn SO massiv verschlechtert, dass es nicht ungewöhnlich ist, wenn aus einigen Stunden Fahrt plötzlich extrem viele Stunden Fahrt werden, und v.a. wenn man mehrmals umsteigen muss, kann das ganz schnell unschön werden, gerade wenn man dann 4-5 Stunden an einem Bahnhof warten oder am Ende doppelt so häufig umsteigen muss.
Also zusammengefasst... Bahnfahren an sich ist nicht das Problem - die DB könnte aber eins werden.