Möglicherweise möchte er nachts den Raum verlassen und woanders schlafen.
Das würde ich mal als erstes testen.
Der Hund könnte auch organisch oder neurologisch krank sein.
Ihr könntet krank sein oder schwanger, verändert riechen...
Umgebungsgeräusche sind möglich, die ihr nicht wahrnehmt. Einer unserer Hunde hat mal auf Geräusche reagiert, die immer zur selben Zeit nachts durch eine Kläranlage verursacht wurden.