Für mich liest es sich, als ob er am Boden liegende Decken einfach als Angebot zum Lösen ansieht. Kennt er das vielleicht noch aus Welpentagen vor eurer Zeit? Vielleicht hilft auch - in Anlehnung an die gern genutze, nicht bepinkelte Schlafbox - das Einrichten einer Rückzugszone. Ein frei zugänglicher Welpenauslauf beispielsweise mit Schlafgelegenheit darin (nur dort), den man mein Bedarf auch mal zum Ruhen / Runterkommen / als Vorbereitung zum Alleinbleibtraining verschließen kann. Wenn das auch bepinkelt wird, den Schlafplatz als Höhle oder erhöhtes Liegeplätzchen anbieten.
Dass er sooft pinkelt kann auch dran liegen, dass er einfach nicht richtig zur Ruhe kommt und immer auf Empfang ist. Er tippelt meist hinterher, wenn Du den Raum verlässt?