Mein erster Gedanken beim Lesen war, dass der Hund irgendwie verknüpft hat, wenn du nach Hause kommst, gibt es Ärger. Besonders als du sagtest:
Zuerst dachte ich daß er vielleicht irgendwas ausgefressen hat und ich ihn evtl dabei durch das öffnen der Türe in seinen Augen erwischt habe. Allerdings war der Kot noch im Katzenklo, die Katze hat selig auf ihrem Platz geschlafen, er hat nichts angefressen oder zerstört, er hat nicht in die Wohnung gemacht und in seiner Anfangszeit habe ich ohnehin einfach alles wortlos weggewischt wenn es denn mal passiert ist. Mir fällt also absolut kein Grund ein warum er solch eine Angst hat.
Du sagst, in der Anfangszeit hast du es wortlos weggewischt. Aber irgendwann nicht mehr wortlos? Dann ist nämlich ganz offensichtlich, warum er Angst hat, wenn ihr nach Hause kommt.
Es ist nämlich nicht so, dass der Hund weiß, dass er etwas angestellt hat. Er weiß nur, dass du manchmal böse bist, wenn du nach Hause kommst. Den Grund dafür kann der Hund nicht wissen. Egal ob Pipi, angekaute Tapete oder zerfressene Klamotten...
Edit: In seinen Augen hast du ihn auch nicht beim Unfug machen erwischt. So denkt ein Hund nicht. Er reagiert nicht aufgrund seiner eigenen Tat so, sondern weil er weiß, dass du plötzlich, ohne für ihn sichtbaren Grund böse wirst.