Lass das Trockenfutter komplett weg - einfrieren tötet Milben, macht sie aber nicht weg. Das Eiweiss ist ja trotzdem noch da und darauf reagiert der Hund.
Da dasselbe für Mehl und Co gilt (alles was trocken gelagert wird), bringt selbst backen auch nichts.
Was damals gut ging bei meinem Futtermilben Allergiker, war Fleischstücke selbst dörren und die dann direkt nach dem Trocknen einfrieren (also nicht erst normal lagern) - und dann immer die Hand voll für den Tag morgens rausnehmen.
Über die Flocken würde ich auch Allergiker Bettwäsche ziehen.