Die Integration der Herdenschutzhunde in neue Herden wird kostenlos durch einen Experten der Fachstelle Herdenschutzhunde begleitet. Trotzdem dauert es in der Regel mehr als ein Jahr, bis aus Hundehalter(n), Nutztieren und Herdenschutzhunden eine weitgehend reibungslos funktionierende Einheit erwachsen ist. Der erste Schritt hierzu muss der rasche Aufbau einer vertrauten Beziehung zwischen Hundehalter und seinen neuen Hunden sein (innerhalb von rund drei Wochen). Ebenso wichtig ist eine möglichst enge Bindung zwischen Hunden und Herdentieren, wobei diese aber durch den Menschen nur beschränkt beeinflusst werden kann und deren Entstehung mehr Zeit in Anspruch nimmt. Oft sind es erst die Jungtiere, die mit den Hunden aufwachsen, welche die erwünschte Vertrautheit zu ihren Beschützern zeigen. Das heisst, dass Herdenschutzhunde ihre Fähigkeiten bei fortschreitender Remontierung der Herde bei Hundepräsenz immer besser entfalten können.
Herdenschutzhunde werden im Normalfall im Verlauf des Winters in neue Herden integriert, damit der Vorlauf bis zu Beginn der Alpsaison möglichst lange ist und sich Hunde, Nutztiere und Halter aneinander gewöhnen können.